Eclipse 4.6 Neon 以降に対応するバージョンはリリースされていません。
空白や改行文字の表示形状は Pleiades により変更されるようになりました。

関連機能でステータスバーに改行やエンコーディングを表示する Autodetect Encoding プラグインをリリースしています。
インストールする場合は、以下のボタンを実行中の Eclipse へ D&D してください。

Eclipse のエディタで全角空白、半角空白、タブ、改行（LF、CRLF、CR）を表示可能にするプラグインです。
他に太字を通常文字と同じ幅で表示するオプションがあります。
OS は Windows 32bit および 64bit に対応しています。(64bit は Eclipse 3.7.1 以降)

表示は MS ゴシック 9 ポイントで最適となるように調整しています。
フォントの設定： ウィンドウ -> 設定 -> 一般 -> 外観 -> 色とフォント -> 基本 -> テキスト・フォント -> 変更

改行の表示形状は 3 種類あります。
Javaエディタを開きメニューから [ファイル(F)] - [行区切り文字の変換(N)] で改行表示の違いが確認できます。
CSV ファイルのように仕様上同一ファイル内に異なる改行が混在している場合に見分けるのに便利です。

改行	OS	表示形状
LF	Unix	下向き矢印
CRLF	Windows	下向きから左向きに折れ曲がった矢印
CR	MaxOS 9	左向き矢印

JStyle 各バージョン先頭の x.x.x は Eclipse のバージョンに対応しています。
Eclipse のバージョンは features/org.eclipse.platform_x.x.x ディレクトリー名で判別できます。
Eclipse の readme に記載されているバージョンは古い場合があるので注意してください。

ダウンロード一覧

EPL

ダウンロードしたファイルに含まれる about.html を参照してください。